En 1969, le Japon est en pleine croissance économique, on découvre que le pays est menacé par des extra-terrestres, infiltrés parmi la population. L’AEGIS, une organisation secrète est alors chargée de lutter contre ces envahisseurs. Pour cela ils emploient des « Gate Keepers », individus possédant un pouvoir psychique permettant d’ouvrir des portails inter-dimensionnels.